Het Pharmafilter-systeem bestaat uit vermalers die worden geplaatst op diverse afdelingen binnen het ziekenhuis. Deze vermalers zijn via de riolering gekoppeld aan een zuiveringsinstallatie op het buitenterrein van het ziekenhuis. In de vermalers kunnen medewerkers onder andere biologisch afbreekbare po’s en urinalen, specifiek ziekenhuisafval en overgebleven voedsel deponeren. Het gebruik van de vermalers op de afdelingen verbetert de veiligheid en hygiëne van patiënten en medewerkers. Het ziekenhuisafval wordt door de installatie voor een groot deel op biologische wijze afgebroken met als restproduct biobrandstof en een sterk gereduceerd percentage restafval. Het afvalwater wordt door de installatie gezuiverd van verontreinigingen, waaronder medicijnresten. De biobrandstof en het gezuiverde water zal het Sint Franciscus Gasthuis hergebruiken in de technische installaties.
Duurzaamheid